База данных «Регуляторные районы генов прокариот (ПрокаТ-ЭКС)/Regulatory Gene Regions in Prokaryote (ProkaTEX)»

АВТОРЫ

Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Подколодная О.А. и др.

ХАРАКТЕРИСТИКА

База данных «ProkaTEX» предназначена для накопления экспериментальных данных по структуре регуляторных районов генов у различных видов бактерий, а также данных по экспрессии генов в зависимости от стадии роста бактериальной культуры, источников питания и дыхания, различных внешних воздействий и т.д. Формат базы «ProkaTEX» отражает особенности организации и функционирования бактериальных геномов. Единицей входа в базу является ген. Источником информации для базы является аннотация научных публикаций.

ТЕХНИКО-ЭКОНОМИЧЕСКИЕ ПРЕИМУЩЕСТВА

Формат базы «ProkaTEX» адаптирован для описания генов прокариот и содержит комплексную, экспериментально подтвержденную, информацию о механизмах регуляции экспрессии бактериальных генов, что отличает базу «ProkaTEX» от других баз данного направления. Как пра-вило, другие базы накапливают информацию по отдельным аспектам структурно-функциональной организации регуляторных районов (EcoCyc, Regolon, Prodoric) и наряду с экспериментально под-твержденными данными, внесенными на основании анализа научных статей, содержат результаты компьютерного анализа геномных последовательностей (Prodoric, Regolon,), а также информацию, экстрагированную из других баз данных (EcoCyc).

ОБЛАСТИ ПРИМЕНЕНИЯ

Комплексное описание регуляции транскрипции генов прокариот, представленное в базе «ProkaTEX», является основой для решения большого числа актуальных задач биоинформатики и представляет интерес для широкого круга исследователей, занимающихся разными аспектами мо-лекулярной генетики.

УРОВЕНЬ ПРАКТИЧЕСКОЙ РЕАЛИЗАЦИИ

База данных реализована в среде SRS (Sequence Retrieval System), имеет стандартный web-интерфейс, который позволяет вести поиск с использованием комбинаций условий на значения полей в различных таблицах базы данных. В настоящий момент база содержит информацию о бо-лее чем 500 генах прокариот, механизмы регуляции которых реализуются через функционирова-ние более 900 промоторов и 1800 сайтов связывания транскрипционных факторов.

ПАТЕНТНАЯ ЗАЩИТА

Получено свидетельство об официальной регистрации № 2006620257.

КОММЕРЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ

Лицензионное соглашение.

ОРИЕНТИРОВОЧНАЯ СТОИМОСТЬ

Не рассчитывалась.

Email: tamara@bionet.nsc.ru