База данных «Матрицы сайтов связывания транскрипционных фак-торов (АртСайт)/Мatrices for transcription factor binding sites (ArtSite)»

АВТОР Хлебодарова Т.М.

ХАРАКТЕРИСТИКА

База данных «ArtSite» предназначена для аннотации экспериментальной информации по структуре сайтов связывания транскрипционных факторов (ТФ) у про- и эукариот. Сайты связывания ТФ являются регуляторными единицами промоторов генов. База основана на описании структуры сайтов связывания ТФ с помощью частотных матриц, которые построены в результате выравнивания представительных выборок нуклеотидных последовательностей сайтов связывания ТФ. Один вход в базу соответствует одному селекционному эксперименту, в результате которого была получена матрица сайта, и представляет собой формализованное описание структуры сайта связывания конкретного ТФ или одного из его ДНК-связывающих доменов, если фактор имеет сложную структуру.

ТЕХНИКО-ЭКОНОМИЧЕСКИЕ ПРЕИМУЩЕСТВА

Наиболее полно представленный ресурс в этой области исследований на данный момент. В Российской Федерации полных аналогов нет. Частично информация перекрывается с базой SELEX, объем которой чуть больше 100 входов и не увеличивается с 2000. Cреди зарубежных баз данных, полным аналогом является база Jaspar, количество входов в которой не превышает 130, и она содержит данные только для эукариотических организмов. Подобный ресурс для прокариотических организмов DPInteract содержит 55 матриц для ТФ E.coli. В базе TRANSFAC подобная ин-формация присутствует, однако большая часть этого ресурса недоступна для использования и происхождение матриц неизвестно.

ОБЛАСТИ ПРИМЕНЕНИЯ

База представляет интерес для исследователей, занимающихся изучением механизмов регуляции экспрессии генов как у про-, так и у эукариот и может быть использована для распознавания сайтов связывания ТФ при исследовании геномов различных видов организмов, в том числе, социально-значимых и слабо изученных с молекулярно-генетической точки зрения.

УРОВЕНЬ ПРАКТИЧЕСКОЙ РЕАЛИЗАЦИИ

БД реализована в среде SRS (Sequence Retrieval System), имеет стандартный web-интерфейс, который позволяет производить поиск с использованием комбинаций условий на значения полей в различных таблицах базы данных. Планируется расширение базы за счет новых литературных данных и материала баз TRRD и ProkaTEX (создание выборок природных сайтов связывания ТФ и построение на их основе матриц). Настоящий ресурс базы (474 матрицы и более 10000 последовательностей сайтов связывания транскрипционных факторов) может быть использован для распознавания сайтов связывания ТФ при изучении геномов различных организмов.

ПАТЕНТНАЯ ЗАЩИТА

Получено свидетельство об официальной регистрации № 2006620167.

КОММЕРЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ

Лицензионное соглашение.

ОРИЕНТИРОВОЧНАЯ СТОИМОСТЬ

Не рассчитывалась.

Email: tamara@bionet.nsc.ru