Доклад В. Ю. Макеева (ИОГен РАН) «Варианты в регуляторных районах генов, влияющие на связывание транскрипционных факторов: связь с формированием клеточной индивидуальности и наследственными заболеваниями» 24 октября 2017 года, ИЦиГ

24 октября 2017 в 15.00 в конференц-зале ИЦиГ СО РАН состоится расширенный семинар отделения молекулярной генетики, клеточной биологии и биоинформатики на котором с докладом выступит Всеволод Юрьевич Макеев, Заведующий лабораторией системной биологии и вычислительной генетики ИОГен РАН, д.ф.-м.н.,член-корреспондент РАН.

Тема доклада: «Варианты в регуляторных районах генов, влияющие на связывание транскрипционных факторов: связь с формированием клеточной индивидуальности и наследственными заболеваниями».

Авторы: Ландо А.С., Воронцов И.Е., Кулаковский И.В., Макеев В.Ю.

Аннотация доклада:

Разработаны методы, позволяющие осуществлять предсказание in silico участков ДНК, связывающих факторы регуляции транскрипции в конкретной ткани. При этом не используется прямая информации о связывании белка в данной ткани: предсказания делаются на основании экспериментов, характеризущих ткань в целом(экспрессия генов и структура хроматина), и экспериментов характеризующих специфику связывания белка.

Современные высокопроизводительные методы позволяют идентифицировать однонуклеотидные полиморфизмы и соматические мутации в масштабе полных геномов. Недавние исследования показали, что от 60 до 90% нуклеотидных замен, ассоциированных с заболеваниями,встречаются в некодирующей ДНК,преимущественно в регуляторных районах.

Одним из предполагаемых механизмов возникновения таких ассоциаций является модификация участков ДНК,специфически связывающих факторы транскрипции, что в свою очередь может привести к изменениям в экспрессии регулируемых генов. Эти изменения экспрессии сильно зависят от конкретной ткани, поскольку мутация или аллельный вариант в конкретной ткани может оказаться в открытом или закрытом сегменте хроматина, а также в присутствии или в отсутствие тканеспецифически связанных кофакторов. Важный вопрос заключается в том, насколько в настоящее время возможна идентификация ткани, в которой конкретный полиморфизм или соматическая мутация влияет на экспрессию генов и клеточный фенотип. Мы показываем, что для относительно большого набора транскрипционных факторов существующие методы обеспечивают достаточно надежное и точное предсказание участков ДНК, связывающих эти факторы в конкретной ткани, при условии доступности данных по статусу хроматина и картины тканеспецифической экспрессии генов.Анализируются условия, при которых возможны такие предсказания.

Приглашаются члены Ученого Совета и все желающие.