Ученые нашли новые гены-кандидаты, связанные с признаками мясной продуктивности овец

Результаты были получены благодаря уникальной платформе обработки и анализа полногеномных исследований, созданной в ИЦиГ СО РАН

Современные генетические технологии активно применяются в сельском хозяйстве. Анализ геномов разных пород позволяет выявлять гены и их варианты, которые связаны с конкретными признаками животных. Эти данные могут быть использованы для отбора маркеров для селекции желаемых признаков или кандидатов-мишеней для редактирования генома.

В рамках Программы развития ЦГИМУ «Курчатовский Геномный Центр», ученые Института цитологии и генетики СО РАН изучают генетический контроль мясной продуктивности овец, используя современные методы количественной генетики. В частности, новосибирскими учеными была создана платформа GWAS-MAP|ovis, которая позволяет осуществлять агрегацию, унификацию, визуализацию результатов полногеномных исследований овец и проводить дополнительный анализ этих данных. Такой подход позволил найти 12 локусов, связанных с мясной продуктивностью овец, 8 из которых были выявлены впервые. Веб-интерфейс платформы находится в открытом доступе по адресу https://pheligeovis.icgbio.ru/.

«Овцеводство – одна из важнейших отраслей сельского хозяйства. В настоящее время самым популярным продуктом овцеводства является именно мясо, хотя до недавнего времени, в селекции овец больше внимания уделялось признакам, связанным с качеством шерсти. В отличие от крупного рогатого скота, сведений о локусах и генах овец, ассоциированных с различными экономически важными признаками, известно существенно меньше» – отметил младший научный сотрудник ИЦиГ СО РАН Александр Злобин.

При наполнении платформы исследователи столкнулись с разными сложностями. Главной из них стало отсутствие доступа к полногеномным данным в опубликованных статьях. Из 46 проанализированных публикаций только одно исследование предоставило доступ к полногеномным данным в нужном формате. «Также одной из проблем было отсутствие общепринятых стандартов для проведения полногеномных исследований ассоциаций овец, каждый исследователь выбирал свои собственные стандарты и ограничения», – рассказал Александр Злобин.

В результате проделанной учеными работы, платформа GWAS-MAP|ovi была наполнена унифицированными данными, прошедшими «контроль качества». Их анализ и позволил обнаружить новые локусы, для которых выявлено гены, которые потенциально могут регулировать признаки мясной продуктивности.

Ученые уже применили созданную платформу для оценки племенной ценности российских пород овец. Полученные данные сопоставили с реальными данными о 94 животных — гибридах романовской породы овец и архара, предоставленными коллегами из ВИЖ им. Л. К. Эрнста (г. Москва) и подтвердили высокий предсказательный потенциал созданной платформы.

Пресс-служба ИЦиГ СО РАН